Antes dos portugueses chegarem ao Rio de Janeiro (em 1503), os índios Jacutingas já habitavam a margem ocidental do rio Iguaçu. Esses índios ajudaram os franceses quando eles chegaram à região.
Em torno de 1565, após a expulsão dos franceses da Baía de Guanabara, a cidade de São Sebastião do Rio de Janeiro foi fundada. Havia, àquela época, intensa pirataria promovida por corsários franceses, ingleses e holandeses no litoral da colônia.
Em 1575, o então governador da capitania do Rio de Janeiro, Antônio Salema, reuniu um exército português apoiado por uma tropa de índios catequizados, com o objetivo de exterminar o domínio franco-tamoio que já durava vinte anos no litoral norte da capitania. Temendo perder seus territórios, os índios tamoios, ainda aliados aos franceses, foram praticamente dizimados por conta da insurreição, denominada Guerra de Cabo Frio. As tropas vencedoras exterminaram aproximadamente 500 indígenas, escravizando outros 1500. Foram condenados à forca dois franceses, um inglês e o pajé tupinambá. Não obstante, as tropas adentraram o sertão incendiando aldeias e matando outros milhares de tamoios. A Guerra de Cabo Frio resultou na completa expulsão dos franceses da região.
No entanto, outros piratas europeus, principalmente ingleses e holandeses continuaram a piratear o pau-brasil, causando mortes desumanas e que se provaram inúteis, uma vez que a ausência de colonização no litoral fluminense continuou a proporcionar lucro aos corsários europeus. Não houve interesse da metrópole em colonizar a região do Cabo Frio após este massacre, entretanto os colonizadores decidiram povoar o Recôncavo Fluminense. Começaram a se fixar às margens dos grandes rios, em especial os rios Iguaçu, Meriti, Sarapuí, Saracuruna, Jaguaré, Pilar e os vales dos rios Marapicu, Jacutinga, Mantiqueira e Inhomirim.
Ainda em 1575, o capitão-mor Belchior Azeredo construiu uma ermida em louvor a Santo Antônio, no sopé de uma colina a 750 metros da maior curva do Rio Santo Antônio (homenagem ao santo, atual Rio Sarapuí, em terras jacutingas. A construção, erguida em taipa, foi determinante para que Belchior Azeredo conquistasse as terras dos índios jacutingas em forma de sesmaria, através do governador Cristóvão de Barros, batizando-as como Engenho Santo Antônio da Aldeia dos Jacutingas. O capitão-mor ainda concedeu a si mesmo uma sesmaria próxima ao rio Majé, onde construiu um engenho (Coordenadas: 22º45'38" S ; 43º23'23" O). Nas décadas posteriores, a pequena ermida (capela) foi alçada à categoria de capela colada, de capela curada e finalmente de igreja matriz (freguesia), e neste local permaneceu por mais de 130 anos, até a década de 1700.
Uma vez que a ocupação da bacia dos rios Iguaçu, Sarapuí e Meriti foi efetivada, o que ocorreu a partir do final do século XVI, as tradicionais trilhas indígenas viraram estradas. Uma delas, a longa trilha dos indígenas jacutingas, foi transformada na Estrada Geral, que ligava a Freguesia de Nossa Senhora da Conceição de Marapicu (atual Marapicu) à Freguesia de Santo Antônio da Aldeia dos Jacutingas (atual Belford Roxo, próximo à fábrica da Bayer). O leito da Estrada Real hoje é ocupado pela RJ-105. A velha ponte sobre o Sarapuí era o ponto de junção entre a Estrada Geral e a Estrada Real (ex Avenida Automóvel Clube, cujo nome atual mudou de nome para Martin Luther King Jr. A Estrada Real seguia em direção à freguesia da Candelária passando antes pelo território da Freguesia de São João do Orago do Rio Merity, do porto da Pavuna, de Inhaúma e da Freguesia de Nossa Senhora da Apresentação do Irajá.